Hashimotov tireoiditis često je povezan s povišenim razinama imunoglobulina, posebice antitijela protiv tireoglobulina i antitijela na peroksidazu štitnjače. Ta su antitijela usmjerena protiv konstitutivnih proteina štitnjače. Njihovo povišenje ukazuje na autoimuni odgovor protiv štitnjače, što rezultira kroničnom upalom poznatom kao Hashimotov tireoiditis.