S druge strane, čišćenje staništa je potpuno uklanjanje staništa, obično u svrhu pretvaranja zemlje u drugu upotrebu, poput poljoprivrede ili razvoja. Iako se fragmentacija staništa može pojaviti kao rezultat čišćenja staništa, dva pojma nisu sinonimna.
Fragmentacija staništa može imati brojne negativne učinke na biološku raznolikost i funkciju ekosustava. Na primjer, može smanjiti količinu raspoloživog staništa za vrste, što može dovesti do pada populacije. Također može povećati rizik od inbreedinga i drugih genetskih problema. Uz to, fragmentacija staništa može poremetiti kretanje vrsta i spriječiti ih da pristupe važnim resursima, poput hrane, vode i prijatelja.
Fragmentacija staništa također može imati brojne negativne učinke na funkciju ekosustava. Na primjer, to može dovesti do promjena u sastavu biljnih i životinjskih zajednica, koje mogu poremetiti prehrambeni lanac i druge ekološke interakcije. Također može povećati rizik od erozije i drugih oblika degradacije okoliša.
Čišćenje staništa glavni je uzrok fragmentacije staništa, ali nije jedino. Ostale ljudske aktivnosti koje mogu dovesti do fragmentacije staništa uključuju rudarstvo, izgradnju cesta i zagađenje.
Fragmentacija staništa ozbiljna je prijetnja biološkoj raznolikosti i funkciji ekosustava. Važno je poduzeti korake za ublažavanje njegovih učinaka zaštitom postojećeg staništa i vraćanjem fragmentiranog staništa.