- Izravno uzimanje: Manate se ponekad love zbog hrane, ulja i dijelova tijela. Oni također mogu biti ubijeni slučajno kad se zaplete u ribolovnu opremu ili propelere broda.
- Gubitak i degradacija staništa: Manate se oslanjaju na plitke, tople vode s obilnom morskom travom za hranu i sklonište. Kako su obalna staništa razvijena za stambenu i komercijalnu upotrebu, ta se područja gube i degradiraju, što otežava preživljavanje manate.
- Zagađenje vode: Manate su osjetljivi na zagađenje, koje mogu ući u njihova tijela gutanjem ili apsorpcijom kože. Zagađivači poput pesticida, gnojiva, nafte i kanalizacije mogu uzrokovati bolest i smrt kod manate.
- Promet plovila: Manate se mogu udariti i ubiti čamcima. Posebno su osjetljivi na ozljede iz velikih, brzo kretanja plovila, poput teretnih brodova i brzih brodova.
Pored ovih izravnih ljudskih uzroka smrti, manate utječu i klimatske promjene, što može poremetiti njihovu opskrbu hranom i učiniti ih ranjivijim na bolest.