Iako se trenutno ne smatraju ugroženim, njihovo stanovništvo opada zbog nekoliko prijetnji, uključujući:
* Gubitak staništa i fragmentacija: Krčenje šuma i pretvaranje zemljišta za poljoprivredu i razvoj smanjuju njihovo stanište.
* Lov i probijanje: Jaguari se love zbog krzna, dijelova tijela koji se koriste u tradicionalnoj medicini, a ponekad iz straha ili osvete.
* Sukob čovjeka-divljeg života: Kako ljudska populacija raste, postoji više susreta između Jaguara i ljudi, što dovodi do sukoba, a ponekad i ubojstva Jaguara.
Važno je napomenuti da su populacije Jaguar vrlo promjenjive u njihovom rasponu , s nekim područjima koja imaju mnogo manji broj od drugih. Neke su populacije kritično ugrožene, što čini napore očuvanja ključnim.