Gubitak i fragmentacija staništa :Jaguari zahtijevaju velika područja i raznolika staništa za preživljavanje. Nažalost, njihova prirodna staništa brzo se gube i fragmentiraju zbog krčenja šuma, širenja poljoprivrede, razvoja infrastrukture i rasta gradova. To ne samo da smanjuje raspoloživi prostor za lutanje jaguara, već i remeti njihove obrasce razmnožavanja, hranjenja i migracije.
Sukob ljudi i divljih životinja :Kako se ljudska naselja šire u staništa jaguara, dolazi do sukoba kada jaguari love stoku. To može dovesti do odmazde farmera i stočara, što može rezultirati ubijanjem jaguara. Osim toga, jaguari mogu biti ubijeni ako predstavljaju prijetnju ljudskoj sigurnosti ili ako se na njih gleda kao na smetnju.
Klimatske promjene :Učinci klimatskih promjena, kao što su izmijenjeni obrasci padalina, rastuće temperature i povećana učestalost ekstremnih vremenskih događaja, utječu na staništa jaguara i populacije plijena. Ove promjene narušavaju ekosustav i čine jaguarima većim izazovom preživljavanje i uspješnu reprodukciju.
Ograničena genetska raznolikost :Jaguari imaju relativno nisku genetsku raznolikost u usporedbi s drugim vrstama velikih mačaka. To ih čini ranjivijima na utjecaje gubitka staništa, lova i drugih čimbenika koji mogu poremetiti njihove populacije. Niska genetska raznolikost može smanjiti sposobnost vrste da se prilagodi promjenama okoliša i povećati rizik od srodstva.