Teorija evolucije imala je dubok utjecaj na način na koji su vrste klasificirane. Prije pojave evolucijske teorije, vrste su klasificirane na temelju njihovih fizičkih sličnosti, s malo evolucijskih odnosa. Međutim, evolucijska teorija uvela je koncept uobičajenog porijekla, koji kaže da su svi živi organizmi porijeklom iz zajedničkog pretka. To je dovelo do razvoja filogenetske klasifikacije, koja grupira vrste na temelju njihovih evolucijskih odnosa, a ne na njihovim fizičkim sličnostima.