Pesticidi :Pesticidi koji se koriste za kontrolu glodavaca i drugih štetočina također mogu otrovati pse prerijskih.
Bolesti :Psi prerijskih psa osjetljivi su na razne bolesti, uključujući silvatičku kugu, tulalemiju i pseće distemper. Te se bolesti mogu proširiti među prerijske kolonije pasa i uzrokovati pad stanovništva.
Lov :U nekim područjima prerijski psi se love zbog sporta ili zaštite stoke.
Predacija :Psi prerijske pse plijene raznim grabežljivcima, uključujući kojote, vukove, lisice i ptice grabljivice.
Zbog ovih čimbenika, nekoliko prerijskih vrsta pasa navedeno je kao ugrožene ili ugrožene prema Zakonu o ugroženim vrstama. U tijeku su nastojanja da zaštiti svoja staništa i upravljaju prijetnjama njihovom stanovništvu.