Općenito, voćni šišmiši pokazuju poliginiju, u kojem mužjaci paluju s više ženki. Ženke rađaju jednog šteneta nakon razdoblja gestacije koje obično traje nekoliko mjeseci. Štenci se rađaju zatvorenim očima i ovise o majci zbog hrane i njege. Oni nauče samostalno letjeti i hraniti se u roku od nekoliko mjeseci i dostižu spolnu zrelost oko godinu dana starijeg.
Neke vrste voćnih šišmiša, poput voćnog šišmiša u boji slame (Eidolon Helvum), pokazuju sinkronizirani uzgoj, u kojem se veliki broj pojedinaca istovremeno rodi. Smatra se da je to prilagodba za smanjenje rizika od predatora trudnica i mladih štenaca.