Međutim, postoje neki slučajevi u kojima mogu biti plijen:
* Veći kanidi: Vukovi, medvjedi i još veći planinski lavovi mogu plijeniti kojotima, posebno mladim ili oslabljenim pojedincima.
* ljudi: Ljudi su značajna prijetnja kojotima kroz lov, zarobljavanje i uništavanje staništa.
* bolest: Kojoti mogu postati žrtva bolesti poput bjesnoće ili parvovirusa, što ih može oslabiti i učiniti osjetljivijim na predatora.
Općenito, kojoti su općenito sigurni od predatora zbog njihove prilagodljivosti, inteligencije i ponašanja pakiranja. Vjerojatnije je da će biti prijetnja drugim životinjama nego obrnuto!