Gubitak i degradacija staništa :Sejšelski šišmiš školjkaš oslanja se na izvorna šumska staništa za sklonište i traženje hrane. Krčenje šuma za potrebe poljoprivrede, sječe i razvoja dovelo je do fragmentacije i smanjenja tih šuma, značajno smanjujući dostupno stanište za ovu vrstu.
Lov i zamke :Sejšelski šišmiš se povremeno lovi za hranu ili koristi u tradicionalnoj medicini. Osim toga, mogu ostati zarobljeni u mrežama postavljenim za druge životinje.
Uvedeni predatori :Uvođenje stranih grabežljivaca, poput štakora, mačaka i mungosa, također je pridonijelo smanjenju broja sejšelskih šišmiša. Ovi grabežljivci love šišmiše, njihovu mladunčad i njihova skloništa.
Mala populacija i genetska ranjivost :Sejšelski šišmiš ima malu populaciju i vrlo je lokaliziran, što ga čini osjetljivijim na utjecaje gubitka staništa, lova i grabežljivaca. Mala veličina populacije također ograničava genetsku raznolikost, povećavajući rizik od srodstva i smanjujući sposobnost vrste da se prilagodi promjenjivim uvjetima okoliša.
Klimatske promjene :Promjenjivi klimatski obrasci, kao što su povišene temperature i izmijenjene količine oborina, mogu utjecati na dostupnost hrane i mjesta za odmor, dodatno pogoršavajući izazove s kojima se suočava sejšelski šišmiš.
U tijeku su napori očuvanja kako bi se zaštitio sejšelski šišmiš i njegovo stanište, uključujući uspostavu zaštićenih područja, obnovu staništa i mjere kontrole predatora. Međutim, vrsta je i dalje kritično ugrožena i zahtijeva kontinuirano praćenje i intervencije očuvanja kako bi se osigurao njezin dugoročni opstanak.