Ugrožene vrste koje se sada nalaze samo u zoološkim vrtovima često potječu iz malih, izoliranih populacija koje su smanjene na kritično niske brojeve zbog raznih čimbenika kao što su gubitak staništa, lov i prekomjerno iskorištavanje. Kada se ove vrste dovedu u zoološke vrtove u svrhu očuvanja i uzgoja, one mogu nositi samo djelić genetske raznolikosti koja je postojala u divljoj populaciji.
Kako se te vrste razmnožavaju u zatočeništvu, ograničena genetska varijacija postaje još koncentriranija, što rezultira gubitkom alela i smanjenom genetskom raznolikošću. S vremenom to može imati štetne učinke na sposobnost vrste da se prilagodi promjenjivim uvjetima okoliša i povećanu osjetljivost na bolesti, čineći ih ranjivijima na izumiranje.
Kako bi se ublažili učinci efekta osnivača i očuvala genetska raznolikost, programi očuvanja u zoološkim vrtovima često provode strategije poput selektivnog uzgoja, upravljanja populacijom i spašavanja genetike. Ove mjere imaju za cilj uvođenje novog genetskog materijala u zatočeničku populaciju, održavanje genetske raznolikosti i smanjenje rizika od depresije u srodstvu i drugih genetskih problema koji mogu proizaći iz niske genetske varijacije.