Primarna prijetnja fenek lisicama je gubitak njihovog staništa. Fenek lisice žive u sjevernoj Africi i na Bliskom istoku, gdje se njihovo stanište ubrzano uništava ljudskim aktivnostima, kao što su poljoprivreda, urbanizacija i rudarstvo. Budući da im je stanište uništeno, fenek lisice su prisiljene seliti u sve manja područja, što ih čini osjetljivijima na grabežljivce i bolesti.
Lov i zamke
Fenek lisice se također love i hvataju u zamke zbog krzna. Njihovo krzno koristi se za izradu odjeće i drugih proizvoda. U nekim se područjima fenek lisice love i radi sporta.
Klimatske promjene
Klimatske promjene također su velika prijetnja lisicama feneku. Klimatske promjene uzrokuju širenje pustinje Sahare, što smanjuje količinu staništa dostupnog fenek lisicama. Klimatske promjene uzrokuju i sve češće i jače suše, što lisicama fenek može otežati pronalazak hrane i vode.