Zlatni marmoset ograničen je na mali geografski raspon u brazilskoj državi Rio de Janeiro, između rijeka Itabapoane i Paraíba do Sul. Njegovo prirodno stanište je atlantska obalna prašuma ('Mata Atlântica'), koja je od dolaska prvih europskih doseljenika prolazila velika krzna šuma. Procijenjeno je da je gotovo 90% izvorne obalne šume u državi Rio de Janeiro izgubljeno. Preostali fragmenti su često mali i izolirani, što ih čini osjetljivijim na učinke fragmentacije staništa. Gubitak staništa i fragmentacija rezultiraju padom populacije zlatnog marmoseta smanjenjem dostupnosti hrane, povećanjem osjetljivosti na predatora i bolesti te ograničavanjem raspršivanja i protoka gena između skupina.
Lov i ilegalna trgovina
Zlatni marmoset cijenjen je kao kućni ljubimac zbog svoje male veličine, prekrasne boje i poslušne prirode. Ovu su vrstu ciljali propovjednici za trgovinu kućnim ljubimcima, čak i prije nego što je navedena kao ugrožena. Ilegalna trgovina zlatnim marmosetima značajna je prijetnja vrstama, jer može rezultirati iscrpljivanjem divlje populacije i otežati konzervatorima praćenje i nadzor njihovog broja.
Klimatske promjene
Očekuje se da će klimatske promjene negativno utjecati na zlatni marmoset. Trenutni raspon vrsta mogao bi postati neprikladan zbog promjena temperature i oborina, a dostupnost prehrambenih resursa može opadati. Fragmentacija staništa mogla bi dodatno pogoršati učinke klimatskih promjena smanjujući sposobnost vrste da se prilagodi i preseli na prikladnija područja.
Kombinacija ovih prijetnji rezultirala je klasifikacijom Zlatnog marmoseta kao kritično ugrožena od strane IUCN -a. Nastojaju se zaštititi preostale populacije ove vrste, uključujući stvaranje zaštićenih područja, obnavljanje staništa i mjere za smanjenje lova i ilegalnu trgovinu.