Lov i probijanje: Filipinski jelen lovi se zbog svog mesa, kože i rogova. Lov na jelene popularna je zabava na Filipinima, a provođenje propisa o lovu je slabo. Propovještenje je također glavni problem, jer jeleni često ubijaju na prodaju na lokalnim tržištima.
Bolest: Filipinski jelen također je podložan raznim bolestima, uvedenim i endemičnim. Jedna od najozbiljnijih prijetnji je bolest stopala i usta, koja može uzrokovati teške bolesti, pa čak i smrt u jelena.
Natjecanje s drugim vrstama: Filipinski jelen također se suočava s konkurencijom za hranu i resurse drugih vrsta, uključujući uvedene vrste jelena kao što su jelena Rusa i Sika jelena. Ove uvedene vrste mogu nadoknaditi filipinski jelen za hranu i stanište, a također mogu prenijeti bolesti.
Filipinski jelen je ugrožena vrsta, a njegova populacija brzo opada. Ako se ne poduzmu učinkovite mjere očuvanja, vjerojatno će izumrijeti u divljini.