- Gubitak i degradacija staništa: Afrički pingvini oslanjaju se na obalna staništa za uzgoj, gniježđenje i hranjenje, ali ta staništa prijete ljudskim aktivnostima poput obalnog razvoja, zagađenja i prekomjernog ribolova. Posebno je obalni razvoj rezultirao uništavanjem ili fragmentacijom mjesta gniježđenja.
- prekomjerno ribolov: Afričkim pingvinima također prijeti prekomjernom ribolovom, jer se oslanjaju na ribu zbog svoje prehrane. Prekomjerni ribolov može smanjiti dostupnost hrane za afričke pingvine i otežati im preživljavanje. Određene vrste riba na koje se afrički pingvini oslanjaju pretjerano su u svrhu konzumacije i rekreacijske svrhe.
- Klimatske promjene: Klimatske promjene su još jedna velika prijetnja afričkim pingvinima. Rastuća razina mora i promjene u oceanskim temperaturama mogu poremetiti ciklus uzgoja pingvina, smanjiti opskrbu hranom i dovesti do uništenja njihovih mjesta za gniježđenje.
- zagađenje: Zagađenje iz različitih izvora, uključujući izlijevanje nafte, plastični otpad i ispuštanje kanalizacije, također može imati negativne utjecaje na afričke pingvine. Izlijevanje ulja može premazati perje, čineći ih nesposobnim reguliranjem tjelesne temperature i vodootpornim tijelima, što dovodi do smrti. Plastični otpad može progutati pingvini i uzrokovati blokade u svojim probavnim traktima, a otpuštanje kanalizacije može kontaminirati njihove izvore hrane.
- Predacija: Afrički pingvini suočavaju se s prijetnjama grabežljivca, kako na kopnu, tako i na moru. Na kopnu ih mogu napasti mongoosi i mačke, dok su na moru mogu ih plijeniti morski psi i drugi veliki morski grabežljivci.
Svi su ti čimbenici pridonijeli padu stanovništva afričkog pingvina, što je dovelo do njihove klasifikacije kao ugrožene Međunarodnom unicom za očuvanje prirode (IUCN). U tijeku su napori za očuvanje kako bi se riješile ove prijetnje i zaštitile preostalu afričku populaciju pingvina.