* Gubitak staništa: Uništavanje malog staništa plavog pingvina glavna je prijetnja vrsti. To mogu uzrokovati razni čimbenici, uključujući obalni razvoj, zagađenje i klimatske promjene.
* bolest: Mali plavi pingvini osjetljivi su na brojne bolesti, uključujući ptičju koleru, aspergilozu i kokcidiozu.
* Ljudska smetnja: Mali plavi pingvini mogu biti uznemireni ljudskim aktivnostima, poput veslanja, ribolova i plivanja. To može dovesti do stresa, ozljede, pa čak i smrti.