Iako su smeđe oči najčešća boja očiju za njemačke ovčare, mogu imati i:
* Amber oči: Topla, crvenkasto-smeđa boja.
* Plave oči: Manje uobičajeno, ali moguće.
* Heterochromia: Imati dvije oči različite boje. To je rijetko, ali može se pojaviti kod njemačkih ovčara.
Boja očiju njemačkog ovčara određena je količinom melanina prisutnog u irisu. Što je više melanina, tamnije su oči.