- Ime broda može biti izvedeno iz zastarjele stare engleske riječi "Beagle", što znači mali brod ili brodski brod. Ova je riječ korištena već u 14. stoljeću da se odnosi na mali, lagano naoružani brod koji je korišten za izviđanje i nošenje zaliha.
- Drugo moguće objašnjenje je da je ime nadahnuto kanalom Beagle, uskim plovnim putovima smještenim između Čilea i Argentine. Kanal su imenovali britanski istraživači krajem 18. stoljeća, a moguće je da je ime HMS Beagle odabrano u vezi s ovom geografskom značajkom.
- Neki povjesničari također sugeriraju da je na ime HMS Beaglea možda utjecala luka Beagle u Australiji. Luka se nalazi na sjevernom teritoriju, a britanski istraživači imenovali su je 1838. godine, malo prije nego što je HMS Beagle krenuo u svoje poznato putovanje.