1. Spaljivanje na visokoj temperaturi :Ova metoda uključuje spaljivanje zaraženih materijala, uključujući lešine zaraženih životinja i svu kontaminiranu opremu, na ekstremno visokim temperaturama. Visoka temperatura uništava uzročnika BSE-a, sprječavajući njegov prijenos.
2. Kemijska dezinfekcija :Određene kemikalije, poput natrijevog hidroksida (lužine) i vodikovog peroksida, učinkovite su u uništavanju uzročnika BSE-a. Te se kemikalije nanose na zaražene materijale, uzrokujući denaturaciju proteina i inaktivaciju infektivnih priona.
3. Sterilizacija parom :Para pod visokim tlakom i temperaturom također može uništiti uzročnik BSE-a. Ova se metoda često koristi za sterilizaciju medicinskih instrumenata i opreme, a može se primijeniti i na materijale kontaminirane BSE-om.