1. Špilje i podzemni prostori:
Špilje i podzemni prostori pružaju idealna mjesta za korijenje za šišmiše. Nude mrak, stalne temperature i zaštitu od grabežljivca i teških vremenskih uvjeta. Mnoge vrste šišmiša tvore velike kolonije unutar špilja, viseći naopako od stropa ili zidova. Špilje s prikladnim mikroklimama, poput stabilne temperature i vlage, posebno su privlačne za šišmiše.
2. Šume:
Šišmiši obično naseljavaju šume, bilo tropske ili umjerene. Koriste stabla za ukorjenjivanje, hranjenje i navigaciju. Određene vrste drveća, poput izdubljenih starih stabala ili stabala s labavom kore, pružaju odgovarajuće prostore za šišmice danju tijekom dana. Šume nude raznoliku populaciju insekata, koja služi kao bogat izvor hrane za insektiviste šišmiše.
3. Urbana područja:
Začudo, mnoge vrste šišmiša prilagodile su se životu u urbanim okruženjima. Urbana područja osiguravaju tanjurska mjesta u zgradama, mostovima, pa čak i pod stresom kuća. Neke su vrste naučile iskorištavati umjetne izvore svjetlosti za hranjenje, gdje se okupljaju insekti koji su privukli svjetlost. Međutim, urbana područja mogu predstavljati izazove šišmišima jer se mogu suočiti s opasnostima poput uništavanja staništa, zagađenja svjetlu i sudara sa zgradama.