Međutim, od Whittakerovog vremena, napredak u molekularnoj biologiji i genetici doveo je do dubljeg razumijevanja evolucijskih odnosa između organizama. Kao rezultat toga, neki biolozi tvrde da je sustav s pet kraljeva pretjerano pojednostavljen i ne odražava točno raznolikost i složenost života na zemlji.
Jedna od glavnih kritika sustava s pet kraljeva je da se temelji prvenstveno na morfološkim i ekološkim karakteristikama, a ne na evolucijskim odnosima. To može dovesti do umjetnih skupina organizama koji nisu usko povezani. Na primjer, Protista Kingdom je kategorija uhvata koja uključuje široku paletu organizama koji ne dijele zajedničkog pretka.
Druga kritika sustava s pet kraljeva je da je previše kruta. Ne dopušta jednostavan smještaj novih otkrića i ne odražava dinamičnu prirodu evolucijskih odnosa.
Kao alternativa sustavu s pet kraljeva, neki biolozi predlažu korištenje fleksibilnijih klasifikacijskih sustava temeljenog na evolucijskim odnosima. Ovaj pristup, poznat kao filogenetska sistematika, koristi molekularne podatke za izgradnju filogenetskih stabala koja pokazuju evolucijske odnose među organizama. Filogenetska stabla mogu se koristiti za identificiranje monofiletskih skupina, koje su skupine koje uključuju zajedničkog pretka i sve njegove potomke.
Upotreba filogenetske sistematike dovela je do prepoznavanja novih skupina organizama i revidiranog razumijevanja evolucijskih odnosa među živim organizmima. Na primjer, otkriće Archaea, skupine jednoćelijskih organizama koji se razlikuju i od bakterija i od eukariota, dovelo je do prijedloga sistema klasifikacije sa šest kraljevina.
Ukratko, neki biolozi tvrde da je koncept pet kraljevstava zastario i da su potrebni složeniji klasifikacijski sustavi kako bi se bolje razumjela raznolikost i evolucija života.