1. Konvergentna evolucija :Konvergentna evolucija nastaje kada nepovezane vrste razvijaju slične osobine neovisno, često kao odgovor na slične pritiske okoliša. Na primjer, pojednostavljeni oblik tijela dupina i riba razvijao se neovisno u obje skupine kao prilagodba za učinkovito kretanje u vodi. Unatoč sličnom izgledu, delfini su sisavci, dok su ribe kralježnjaci i pripadaju različitim evolucijskim lozama.
2. Zajedničke osobine predaka :Neke vrste mogu dijeliti određene osobine zbog uobičajenog porijekla, iako su naknadno odstupile i stekle različite karakteristike. Na primjer, šišmiši i ptice imaju krila, ali šišmiši su sisavci, dok su ptice gmazovi. Prisutnost krila u obje skupine sugerira zajedničku evolucijsku povijest.
3. Molekularni dokazi :Genetska analiza, poput sekvenciranja DNA, može otkriti prave evolucijske odnose između vrsta. Uspoređujući sekvence DNK, znanstvenici mogu odrediti stupanj genetske sličnosti između različitih vrsta i zaključiti njihove evolucijske odnose. DNK dokazi mogu otkriti bliske genetske odnose čak i između vrsta koje izgledaju vrlo različite morfološki.
4. Adaptivno zračenje :Prilagodljivo zračenje nastaje kada jedna vrsta predaka nastaje nizom različitih vrsta s različitim morfologijama i adaptacijama. Primjer su Darwinove finše na otocima Galapagos, gdje su različite vrste finča razvile različite oblike kljuna kako bi iskoristile određene izvore hrane. Unatoč njihovim varijacijama u strukturi kljuna, ove finše dijele zajedničkog pretka i usko su povezane.
Stoga je moguće da dvije vrste koje izgledaju vrlo različito jedna od druge, bliže slične drugim vrstama zbog faktora kao što su konvergentna evolucija, zajedničke osobine predaka, molekularni dokazi i adaptivno zračenje.