Ptice su u razredu Aves , karakteriziran perjem, kljunovima i krilima, dok su šišmiši iz reda Chiroptera, unutar klase Mammalia . Šišmiši su jedini sisavci s motornim letom.
Šišmiši i ptice imaju zajedničkog pretka , nazvan Synapsid, koji je postojao prije otprilike 300 milijuna godina. Od ovog zajedničkog pretka odvojile su se dvije grane:sinapsidi, koji su evoluirali u sisavce, i sauropsidi, od kojih su nastali gmazovi i ptice.
Iako su možda imali zajedničkog pretka, šišmiši i ptice razvili su značajne razlike u njihovoj anatomiji, fiziologiji i ponašanju tijekom milijuna godina.