1. Genetika :Boju perja određuju pigmenti koje proizvode specijalizirane stanice zvane melanociti. Različiti geni kontroliraju proizvodnju i distribuciju ovih pigmenata, a ekspresija tih gena može varirati između juvenilne i odrasle faze. To dovodi do razlika u boji perja između izležene mladunčadi i odraslih.
2. Dijeta :Perje nekih ptica može promijeniti boju tijekom rasta i linjanja zbog promjena u njihovoj prehrani. Na primjer, neke vrste ptica mogu imati jarko obojeno perje tijekom sezone parenja kada jedu hranu bogatu određenim pigmentima, ali njihovo perje može postati mutnije ili promijeniti boju izvan sezone parenja kada se njihova prehrana promijeni.
3. Strukturalne razlike :Struktura perja također može utjecati na njihovu boju. Perje mladunčadi može imati drugačiju strukturu u usporedbi s perjem odrasle osobe, što dovodi do razlika u refleksiji svjetla i percepciji boja.
4. Čimbenici okoliša :U nekim slučajevima čimbenici okoliša poput sunčeve svjetlosti, vlažnosti i temperature mogu utjecati na boju perja. Kako mladunci rastu i razvijaju se, njihovo perje može biti izloženo različitim uvjetima okoline koji mogu suptilno promijeniti njihovu boju.
Vrijedno je napomenuti da nemaju svi ptići perje različite boje od perja odraslih. Neke vrste mogu imati mladunčad s perjem koje je vrlo slično perju odrasle osobe.