Najznačajniji čimbenik koji doprinosi ugroženoj sovi je gubitak šuma starog rasta. Ove šume pružaju osnovno stanište sovi, uključujući visoka stabla s šupljinama za gniježđenje i korijenje, te guste nadstrešnice za zaštitu od grabežljivaca. Međutim, šume starog rasta nestaju alarmantnom brzinom zbog sječe, razvoja i drugih ljudskih aktivnosti.
Fragmentacija staništa
Kako su šume starog rasta zabilježene i fragmentirane, preostala staništa sove postaju izolirana jedna od druge. Ova fragmentacija otežava sovama da pronađu prijatelje i rastjeraju se na novim područjima, što dovodi do pada genetske raznolikosti i povećanog rizika od izumiranja.
Natjecanje s drugim vrstama sova
Zabranjena sova (Strix varijacija) predstavlja značajnu prijetnju pjegavoj sovi. Zabranjene sove su veće i agresivnije od pjegavih sova i mogu ih nadoknaditi za mjesta za hranu i gniježđenje. Zabranjene sove također su proširile svoj raspon u područja koja tradicionalno zauzimaju sove.
Pesticidi i drugi onečišćenja
Uočene sove utječu i pesticidi i drugi onečišćenja. Neke od ovih tvari mogu se akumulirati u tijelu i naštetiti reproduktivnom sustavu sove i imunološkom sustavu.
Klimatske promjene
Klimatske promjene su još jedna potencijalna prijetnja pjegavoj sovi. Kako se temperature povećavaju, a uvjeti suše postaju češće, stanište sove može postati manje prikladno. Toplije temperature također mogu dovesti do povećanja broja i intenziteta požara, što može dodatno smanjiti raspoloživo stanište za sovu.