U ćelavim orlovima primarni su izlučivački organi bubrezi. Bubrezi igraju vitalnu ulogu u filtriranju otpadnih tvari, poput uree i kreatinina, iz krvotoka. Ti se otpadni proizvodi prevoze u Cloaca, što je uobičajena komora za probavni, mokraćni i reproduktivni sustav. Iz Cloaca se otpadni proizvodi uklanjaju iz tijela u obliku urina.
Pored bubrega, jetra također igra značajnu ulogu u detoksikaciji i uklanjanju metaboličkih otpada u ćelavim orlovima. Jetra pretvara toksične tvari u manje štetne oblike, koji se tada mogu učinkovitije izlučiti. Jetra također igra ulogu u proizvodnji žuči, što pomaže u probavljanju masti i uklanjanju otpadnih proizvoda kroz izmet.